Program Magister Ilmu Lingkungan mulai dirintis pembentukannya sejak awal tahun 2002. Inisiator pembentukan program ini adalah Dr. A. Ichrar Asbar,M.S. (sekarang Dekan FKIP Unmul) bersama Dr. Bohari Yusuf, M.Si. (sekarang Direktur PPS Magister Ilmu Lingkungan). Setelah mendapat persetujuan Rektor Universitas Mulawarman (Prof. Ir. H. Rachmad Hernadi, M.Sc.) maka dibentuklah Tim Persiapan Pembentukan Program Magister Ilmu Lingkungan melalui Surat Keputusan Rektor Unmul No. 11/PP/2002 tanggal 15 Januari 2002 dengan susunan tim masing-masing : Dr. A. Ichrar Asbar,MS. (Ketua), Dr. Bohari Yusuf, M.Si (Sekretaris) dengan tiga orang anggota yaitu Dr. Harihanto,MS., Drs. Mulyadi, M.Si dan Drs. Berahman, M.Si.

Pada awalnya program ini rencana akan dilaksanakan bekerjasama dengan salah satu Universitas terkemuka yang memiliki program magister Pengelolaan Lingkungan Hidup, akan tetapi setelah melalui pertimbangan-pertimbangan yang cukup matang dari pimpinan Universitas Mulawarman, maka untuk tahap awal sebelum memperoleh ijin operasional dari Direktorat Dikti Depdiknas, program ini berada dibawah naungan Program Pascasarjana Ilmu Kehutanan Universitas Mulawarman melalui Keputusan Rektor Unmul Nomor 102/OT/2002 tanggal 8 April 2002 dengan nama Konsentrasi Studi Konservasi Sumberdaya Alam dan Lingkungan (KSDAL).

Terhitung mulai 1 September 2002, maka program Pascasarjana Konsentrasi Studi KSDAL menerima mahasiswa sejumlah 26 orang dan dengan didukung oleh staf dosen yang berasal dari berbagai fakultas di Unmul, maka program ini berjalan dengan cukup lancar hingga meluluskan empat orang alumni pertamanya pada wisuda September 2004. Pengelola program ini diangkat berdasarkan SK Rektor Unmul No.118/PP/2002 tanggal 6 Mei 2002 yang kemudian diperbaharui melalui SK Rektor No. 89/PP/2003 tanggal 17 Maret 2003 dengan susunan sebagai berikut : Penanggungjawab Pengelolaan Prof.Dr.Ir.Slamet Mulyono,M.Agr (Direktur Pascasarjana Ilmu Kehutanan beserta jajarannya) , Ketua dan Wakil Ketua Konsentrasi dijabat oleh Dr. A. Ichrar Asbar, M.Si. dan Dr. Ir. Chandradewana Boer, sekretaris konsentrasi oleh Dr. Bohari Yusuf, M.Si. dibantu oleh Dr. Harihanto sebagai wakil sekretaris, staf akademik masing-masing Drs. Mulyadi, M,Si., Drs. Berahman, M.Si. dan Drs. Laerita .

Pergantian pengelola terjadi pada saat Bapak Dr. A. Ichrar Asbar, MS. Terpilih menjadi Dekan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Unmul yang sebelumnya didahului dengan pengangkatan Bapak Dr. Harihanto, MS. Sebagai Sekretaris Lembaga Penelitian Universitas Mulawarman. Susunan pengelola konsentrasi kemudian berubah melalui SK Rektor Unmul No. 231/PP/2003 tanggal 8 September 2003 dengan susunan ; Ketua dan Wakil Ketua Konsentrasi masing-masing Dr. Bohari Yusuf,M.Si. dan Dr.Ir.H.Chandradewana Boer, Sekretaris Dr. Lambang Subagiyo, M.Si, Koordinator Akademik Bapak Drs. Mulyadi, M.Si dan koordinator Administrasi Keuangan oleh Bapak Drs. Berahman, M.Si. pengelola tersebut dibantu oleh beberapa staf yaitu Drs. Laerita, Rahmatullah, ST. dan Dewi Rina Mariana.

Sementara program ini berjalan dalam bentuk konsentrasi studi, upaya-upaya pengembangan status menjadi program mandiri terus dilakukan. Proposal kemudian disusun dengan seksama oleh sebuah tim yang dibentuk oleh Rektor Unmul berdasarkan SK No.72/PP/2004 tanggal 20 Febriari 2004 yang diketuai oleh Dr. Bohari Yusuf,M.Si beserta staf pengelola lainnya dengan nara sumber masing-masing Prof. Dr. Ir. H. Ariffien Bratawinata, M.Agr. (Pembantu Rektor I) , Prof. H. Sarosa Hamongpranoto, SH., M.Hum. (Pembantu Rektor II), Prof. Dr. Ir. H. Bandi Supraptono, M.Agr. (Pembantu Rektor IV), Prof. Dr. Ir. Riyanto,M.Si., Prof. Dr. Ir. H. Wawan Kustiawan, M. Agr. Sc., dan Dr. A. Ichrar Asbar, MS., serta Prof. Dr. Ir. Slamet Mulyono, M.Agr. Proposal kemudian disampaikan ke Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas Jakarta pada bulan Mei 2004 dan setelah mengalami hanya satu kali revisi, maka Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Depdiknas memberikan Ijin operasional pelaksanaan program Pascasarjana secara mandiri dengan nama Program Pascasarjana Magister Ilmu Lingkungan melalui Ijin Dirjen Dikti No.3806/D/T/2004 tanggal 21 September 2004.

Melalui Surat keputusan Rektor Universitas Mulawarman No. 272/KP/2004 tanggal 12 Oktober 2004 maka Program Pascasarjana KSDAL yang berada di bawah naungan Program Pascasarjana Magister Ilmu Kehutanan dialihkan status pengelolaannya dan seluruh mahasiswa yang terdaftar kemudian secara formal ditransfer menjadi mahasiswa Program Magister Ilmu  Lingkungan. Bersamaan dengan hal tersebut maka susunan pengelola kemudian direvisi melalui SK Rektor Unmul Nomor 295/PP/2004 tanggal 27 Oktober 2004